La Comisión Nacional de los Derechos Humanos es un organismo público autónomo que tiene como objeto la protección, observancia, promoción, estudio y divulgación de los derechos humanos que ampara el orden jurídico mexicano. (Artículo 2 de la Ley de la Comisión Nacional de los Derechos Humanos).
En ese sentido este Organismo Nacional entiende que el derecho a la protección de la salud, amparado en la fracción cuarta de artículo cuarto de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos implica que los servicios de salud se deben brindar conforme a la normatividad y a la evidencia científica.
La postura de la CNDH dice que las terapias de reconversión de la orientación sexual, son contrarias a la normatividad y la evidencia científica, dicha postura aprovecha tres fuentes para fortalecer su argumento: una NOM de salud, el recientemente publicado Protocolo de atención Médica LGBT de la Secretaria de Salud Federal y la cita extensa a la CIDH.